Intégralement climatisé et accessible aux handicapés, le musée se développe sur 5 niveaux avec d'importants espaces d'accueil du public, comprenant boutique, salle pédagogique, salle de projection ainsi qu'une terrasse ouverte sur le jardin.

En l'absence d'exposition temporaire, les collections se déploient sur les trois niveaux d'exposition. Chaque salle est équipée de fiches de salle et il est possible de visiter le musée à l'aide d'un audioguide multimédia avec une version spécifique pour le jeune public. Des bornes multimédias permettent de consulter les carnets ou agendas de Pierre Bonnard.